第一次長州征伐を決行、同時期に、英米仏蘭4ヶ国艦隊の反撃に遭い、上陸され砲台を占拠された（四国艦隊下関砲撃事件）。その後、高杉晋作、木戸孝允らが藩政を掌握した。
このような情勢下、薩摩、長州ら政争を繰り返していた西国雄藩は坂本龍馬、中岡慎太郎の周旋により、同盟を締結（薩長同盟）した。その後、幕府は第二次長州征伐を決行するが、高杉晋作の組織した奇兵隊などの庶民軍の活躍に阻まれ、また、総指揮者である将軍徳川家茂が大坂城で病没するなどもあり、失敗した。
折から幕法に反して京都に藩邸を置く諸大名を制御できず、京都の治安維持さえ独力でおぼつかない幕府と、幕藩体制の根幹である「武士」の武力に対する信頼とその権威は、この敗北によって急速になくなっていった。薩長は、土佐藩、肥前藩をも巻き込み、開国以来の違勅条約に対する反対論と外国人排撃を主張、実行に移そうとする「攘夷」を、国学の進展などにより江戸時代後期から広がっていた国家元首問題としての尊王論とを結びつけ、「尊皇攘夷」を旗頭に「倒幕」の世論を形成していった。
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しかし、1867年。15代将軍徳川慶喜は起死回生の策として大政奉還を実行し、徳川の政治的生き残りを図る。これは朝廷に対し恭順の意を表し、新しく成立するであろう新政府において重要な地位に立って、大名連合政権の上に立とうとする考えであった。武力によって完全に幕府を倒そうとしていた倒幕勢力は攻撃の名目を一時的に失ったため、先手を取られた形となった。しかし、薩長の倒幕派が太政官制度を復活させ、天皇を中心とした新政府を樹立。徳川から朝廷への政権交代を宣言した（王政復古の大号令）。その後、徳川を盟主とする旧幕府勢力と薩長を主体とする新政府が対立し、鳥羽・伏見の戦いを機に戊辰戦争が勃発。新政府に敗れ去った慶喜は、江戸城無血開城を経て降伏した。降伏後も一部の旧幕府勢力が東北などで抵抗したが、五稜郭の箱館戦争を最後に新政府が勝利し、戊辰戦争は終結した。こうして明治維新が始まり、日本も本格的に近代化の時代を向かえることになる。